アプリ内メッセージからアプリにデータを渡すにはどうすれば良いですか？

アプリ内メッセージからアプリにデータを渡したい場合、現状遷移先URLのクエリパラメータに渡したい情報を載せた上で、アプリ側でそれを受け取り処理する形となります。

遷移先URLにクエリパラメータを載せる必要があるため、基本的にはアプリ内メッセージ中のボタンリンクもしくは location.href に指定するURLなどに必要な情報を載せることになります。

一方アプリでデータを受け取るには、SDKが提供する InAppMessagingDelegate を実装する必要があります。
InAppMessagingDelegate の詳細については、下記ドキュメントをご覧ください。