紐付けテーブルに主キー重複ありのレコードを追加できますか？

紐付けテーブルを更新する場合、主キーが一意になるようにUPSERTされます。

そのため、クエリ結果やCSVファイルなどのデータソースで主キーに重複がある場合、取り込み自体は成功しますが、1つのレコードを残して重複レコードは削除されます。どのレコードが残されるかについては、実装に依存しており決まっていません。残すレコードを指定したい場合は、クエリや元データの方で、予め重複を削除してください。