紐付けテーブルに対して直接Datahubクエリを実行することはできますか？

残念ながらできません。Datahubの機能でSQLクエリを実行できる対象テーブルは、「データセット」内のテーブルのみとなります。

もし紐付けテーブル内のデータをクエリで利用したい場合は、紐付けテーブル内のデータをDatahubジョブフローでデータセット側のテーブルにインポートした上で、データセット側のテーブルに対してクエリを実行する必要があります。